“代数与组合及生物信息学”：以扭曲形变、Galois 理论及同调理论为基础，利用范畴、函子和“提升”等同调方法，以及积分、不变函子与相关张量积构造等Hopf 代数方法与技巧，分别在弱Hopf代数、Hom-Hopf代数和乘子Hopf代数上进行Galois理论与同调理论研究。主要在弱Hopf代数上研究Schneider型定理、相关Hopf模的短正合序列的Maschke型定理、余模代数之间的Morita结构及Galois理论，在Hom-Hopf代数上研究Hom-Lie双代数的构造、在monoidal Hom-Hopf代数上建立Yetter-Drinfeld Hom-模和量子Yang-Baxter Hom-方程之间关系，以及在乘子Hopf代数上研究代数交叉积、Yetter-Drinfeld模范畴等。由对称函数理论、有限群表示论和组合数学、组合算法等理论和方法，研究Diagonal Harmonics空间中基的结构、有限域上幂幺上三角矩阵群的超特征标理论以及组合Hopf代数等。此外，依托江苏省“生物信息学”交叉重点学科，利用机器学习和统计模型等数学方法，研究当今生物信息学最前沿、最关心的方向之一--非编码RNA（简称ncRNA）识别，构建ncRNA识别网站，研发ncRNA识别工具，预测与疾病相关的长非编码RNA等。
计算生物学与计算系统生物学：（1）基因调控系统与生物细胞过程的微分方程模型与保结构数值模拟；（2）植物生物钟与非生物胁迫响应基因调控系统模型；（3）基因定位的统计方法；（4）系统可靠性理论与应用。近年来在种群动力系统分析、基因调控网络、细胞生化反应系统、植物空间生产力、细胞反应-扩散系统、生物复杂性状的QTL定位统计方法、确定性与随机生物微分方程的保结构数值模拟、系统可靠性、拟周期呼吸子、数据诊断、非线性系统的图灵不稳定性等领域开展系统的研究工作。